在古城危難之際他回到了故鄉，並與青梅竹馬的三妹重逢，但是天不隨人願，郭老爺欲將三妹嫁于大戶人家做小，三妹誓死不從，於是趁所有人熟睡離家出走，從小一起長大的恩純得知後尾隨三妹一起參加了新四軍。郭家礙於面子對外宣稱三妹已死。男方仗著權勢到郭家要人，並強行要求二妹頂替三妹出嫁，危難之下為救二妹，五哥娶了二妹。並在郭家古樓開了診所，不久二妹就為五哥生下了一個女兒寶華，生活美滿。
1938年夏天，國民黨部隊開進了西門鎮，由於軍隊缺乏軍醫，國軍徵用了五哥的診所。張師長佩服五哥的高超醫術，想將五哥帶在身邊，五哥做了激烈的思想鬥爭之後，答應隨部隊上前線，但是並不參軍。前線戰事激烈，傷兵愈來愈多，診所裏放滿了傷患，五哥不眠不休的動手術。二妹見五哥如此辛苦，也到診所裏幫忙。前線戰事升級隊伍傷亡擴大，需要建立戰前醫院，五哥告別了妻兒，帶著水虎上了前線。
戰場上五哥見識了殺戮的血腥場面，與日軍一次激烈的交鋒，國軍勝了，同時也付出了慘痛的代價，經過這場戰鬥五哥適應了戰場環境，也更加堅定了他治病救人的決心。
部隊轉移，五哥為了民族正義，面對二妹的挽留，再次告別了妻兒協同水虎跟隨隊伍去了北方。一路上五哥看到了戰爭的殘酷，更加的感覺到身上責任重大。
日軍暫時打退，修整的國軍部隊三三兩兩的在大街上巡邏，隨處可見國軍士兵欺淩百姓的場面，五哥很失落，他知道國民黨部隊並不是他所想像的軍隊。 臨時醫院建成，吃飯時，張師長認識了開酒鋪的漂亮寡婦苗鳳，在酒鋪裏過起了賣酒、唱戲的安逸日子。但是好景不長，日軍壓境，部隊又上了前線，一次慘烈的戰鬥，國軍幾乎全軍覆沒張師長戰死。臨死前他交給五哥一個公事包，要他交給苗鳳。一顆炮彈在五哥身邊炸開，五哥昏死過去。苗鳳也不知所蹤。
重傷的五哥被水虎和新四軍送到了三妹的衛生所，由於日軍的封索，新四軍的醫院很簡陋，缺醫少藥更是缺少醫生，五哥帶傷、頂著高燒，為新四軍傷患做手術，結果昏倒在手術臺上。新四軍進了江平鎮，與恩純匯合，恩純看見五哥的國民黨軍裝很扎眼，拿身衣服讓他換掉。三妹和恩純就五哥參加新四軍的問題產生分歧。恩純因為五哥參加過國民軍和救治日本人心裏不能釋懷。可三妹認為部隊需要五哥這樣的醫生。
恩純和三妹給五哥送來新四軍軍裝。但是五哥仍然堅持不願參軍，恩純忍不住暴怒。五哥留下一封信走了。五哥決定回到西門鎮，在他看來，二妹寶華才是最需要的他的人。二妹一個人在家裏日夜操勞，過著艱難的生活，還好有水官叔的照顧，再苦也都挺了過去。一日他終於拿到了五哥的來信，得知他沒事並在共產黨隊伍裏當醫生。二妹對生活又有了信心。
無意中五哥發現了張師長留下的皮包裏塞滿了金條，五哥明白了張師長的遺言，輾轉來到了苗鳳的酒鋪，但是已經人去樓空，苗鳳生死未蔔。由於戰亂，從新四軍駐地到西門古城短短的距離，卻變成萬里之遙。一路上他們闖過了日軍哨卡，歷經了艱難險阻，到了上海，準備從上海做船回古城。沒料到的是航線停開，五哥與水虎被困在了上海。水虎在碼頭找了活幹並打聽去古城的私船。湊巧的是五哥在一家包子鋪遇到了苗鳳，苗鳳帶著張師長的骨肉艱難的在上海生活。五哥將張師長留下的金條都交給了苗鳳。並為他置辦了大量的生活用品，苗鳳很感動，希望五哥能留下生活，五哥面對風韻猶存的苗鳳，想起了苦苦在家等候的二妹，依然決定離去。
水虎在碼頭買到了一張回古城的船位，讓五哥回到了西門古城。
古城外幾聲炮響新四軍部隊開進了西門古城，解放的號角在西門鎮吹響，新四軍進城受到了老百姓的熱烈歡迎，掀起了一股革命的熱潮，三妹勸說五哥參加新四軍。看著二妹失落的神情。五哥選擇留在二妹身邊好好過日子，婉言拒絕了三妹。二妹深受感動，親自找到三妹領了軍裝，給了五哥。恩純收到舉報信，說五哥歷史不清白。恩純為正視聽，只能暫時扣押了五哥，停了他的職。二妹三妹為五哥抱不平，五哥自己倒是心態平和，開玩笑自嘲：自己就不是參軍的命。
三妹一直以為是恩純對五哥有成見。直到她無意中聽到恩純跟黨代表發脾氣，用腦袋擔保五哥的清白，才徹底明白恩純的苦心，明白自己的丈夫是個心胸坦蕩之人。
日本鬼子又打進了西門鎮，恩純帶領新四軍奮起反抗，終寡不敵眾率軍撤退。三妹在戰鬥中受了重傷，被水官救起背回二妹家。
五哥和二妹將三妹偷偷藏起療傷。陳師娘不願在學校教孩子日語，被鬼子拉到鎮廣場示眾，殺一儆百。千鈞一髮之際，日本軍官被打了黑槍，結果引發了日軍對古城進行地毯式搜索。鬼子的嚴密搜索，使得如何將三妹轉移出城，成了大問題。此時水虎找上門來。原來在廣場上打黑槍的正是水虎和他山上的弟兄們。水虎得知三妹的事，答應幫著三妹離開西門鎮。誰知千鈞之際，二妹為了掩護五哥和三妹，和鬼子周旋，留了下來。
而潘萬年無意之中聽到三妹要逃走的消息，很是興奮，要去日本人那裏告密領賞，大妹阻攔，爭執中，大妹得之原來向新四軍告發五哥的匿名信也是潘萬年所寫，義憤中大妹一槍打死了打了她一輩子的潘萬年。
在水虎的幫助下，五哥和三妹在鬼子眼皮底下安全轉移。
臨分別，五哥不願丟下二妹，毅然決定回去。
二妹被日本人關了起來，質問五哥的下落，二妹不說。日本人又把郭家老少都抓了起來。郭太太心臟病發作當場斃命。鬼子喪心病狂當著喝醉的郭明軒的面糟蹋了已經瘋癲的阿翠。
五哥回來。日本人卻露出和善的嘴臉。不但放了二妹，還把五哥當成座上賓。原來日本人聽說了五哥人造血的特殊技能，要五哥為大日本皇軍效力。而且還為五哥把診所重新開張，慶祝。
鞭炮聲中，五哥診所重新開張。可是卻與第一次開張時的場景天壤之別。在日本兵的監視下，每人都是憤怒不平。只有郭明軒喝著酒，嘻嘻哈哈。郭明軒跟糟蹋自己媳婦的鬼子碰杯喝酒，滿臉醉態，還撒了彼此一身酒。就在大家為他這副不爭氣的德行搖頭時，郭明軒突然指著鬼子鼻子怒?。郭明軒被無數支槍指著，郭明軒大笑，一根火柴點著了被潑了一身酒的鬼子。自己也跟那個鬼子一起同歸於盡。
五哥寧願自殘手臂也堅決不給日本人效力。日本人惱怒，為了引出共党，一石二鳥，日本人放言要殺了五哥。
五哥臨刑前，三妹帶著水虎前來營救，為了保護五哥三妹犧牲。臨死前，三妹把胭脂盒還給五哥…… 殺害三妹的日本軍官身受重傷，日本軍醫沒有辦法幫他取出子彈。日本人要五哥給做手術。只要做了這個手術五哥就自由了，否則就殺了二妹。二妹為了不拖累五哥，自盡身亡。萬念俱灰倍受摧殘打擊的五哥答應了日本人的要求。
手術臺上，五哥鎮靜的做完了手術，監視完成手術的軍官對五哥很滿意。五哥：醫生該做的我做完了。該做一個中國人該做的事了！！說著掏出了手術臺上日本軍官的槍……
戰火紛飛的戰場，衝鋒號想起，幾個士兵呼喊著一個受傷的人：連長！連長！衛生員！……看不清連長的臉，但一邊掉落了一個胭脂盒……
